Ο άγιος Αλύπιος ο Κιονίτης γεννήθηκε στην Αδριανούπολη της Παφλαγονίας. Η μητέρα του ήταν Χριστιανή, που χήρεψε νωρίς και έστειλε τον υιό της στον Επίσκοπο Θεόδωρο για να τον μορφώσει. Μοίρασε την περιουσία της στους φτωχούς και στη συνέχεια άρχισε να ζει ασκητικά ως διακόνισσα κοντά στην εκκλησία.
Ο Άγιος Αλύπιος από τη μικρή του ηλικία ήθελε να αφιερώσει τη ζωή του στον Θεό και επιποθούσε τη μοναχικό βίο, αλλά ο Επίσκοπος Θεόδωρος δεν του έδωσε την άδεια. Μια φορά, όταν συνόδευε τον Επίσκοπό του στην Κωνσταντινούπολη, η αγία μάρτυς Ευφημία (16 Σεπτεμβρίου) εμφανίστηκε σε ένα όραμα και τον συμβούλευσε να γυρίσει στην Αδριανούπολη και να κτίσει μία εκκλησία στο όνομά της.
Με τη βοήθεια που πρόσφεραν οι πιστοί της Αδριανουπόλεως, ο Άγιος Αλύπιος πράγματι έκτισε μία εκκλησία στο όνομά της στον τόπο ενός ερειπωμένου ειδωλολατρικού ναού μολυσμένου από τις λεγεώνες των δαιμόνων. Δίπλα στην εκκλησία, κάτω από τον ανοικτό ουρανό ο άγιος έκτισε ένα κίονα πάνω στον ειδωλολατρικό τάφο. Για πενήντα τρία χρόνια ο Άγιος Αλύπιος αγωνίστηκε πάνω στον κίονα, προσευχόμενος στον Θεό και διδάσκοντας όσους έρχονταν κοντά του.
Οι δαίμονες που μόλυναν το ειδωλολατρικό κοιμητήριο έπεσαν επάνω του τη νύχτα και τον λιθοβόλησαν. Ο Άγιος Αλύπιος δεν ήθελε τίποτα να σταθεί εμπόδιο στις επιθέσεις των πνευμάτων του σκότους και μάλιστα κατέβασε τις σανίδες που χρησιμοποιούσε σαν οροφή, για να προστατεύεται από τη βροχή και τον άνεμο. Μπροστά στον σταθερό αγώνα του αγίου, οι δαίμονες εγκατάλειψαν για πάντα τον τόπο, ο οποίος εξαγιάστηκε από το εθελοντικό του μαρτύριο.
Δεκατέσσερα χρόνια πριν από τον θάνατό του, ο Άγιος Αλύπιος δεν μπορούσε πλέον να στέκεται όρθιος. Ήταν υποχρεωμένος να γύρει στο πλάι του εξαιτίας της αδυναμίας των ποδιών του και υπέφερε τους τρομερούς πόνους με ταπεινή ευγνωμοσύνη. Γύρω από τον κίονα του αγίου βλάστησαν: ένα ανδρικό μοναστήρι στη μία πλευρά και ένα γυναικείο στην άλλη. Ο Άγιος Αλύπιος εισήγαγε αυστηρούς μοναστικούς κανόνες και για τα δύο μοναστήρια και τα διηύθυνε μέχρι τον θάνατό του, το έτος 640, σε ηλικία 118 ετών. Το σώμα του σεβάσμιου κιονίτη ετάφη στην εκκλησία που έκτισε προς τιμήν της Αγίας Μάρτυρος Ευφημίας. Τα λείψανά του αγίου του Θεού θεράπευσαν πολλούς που προσήλθαν κοντά του με πίστη.
Η κάρα του διαφυλάχτηκε στη Μονή Κουτλουμασίου στο Άγιον Όρος. Χάρη στις προσπάθειες του Μητροπολίτου Σωτηρίου Τράμπα, ένα τεμάχιο της κάρας μεταφέρθηκε στην εκκλησία του Αγίου Αλυπίου του Κιονίτη, όπου οι πιστοί μπορούν σήμερα να προσκυνήσουν τα ιερά λείψανα. Η μνήμη του κάθε χρόνο τιμάται στις 26 Νοεμβρίου (9 Δεκεμβρίου).